O nome se consolidou pelo registro histórico da batalha dos Abrolhos travada em 1631 entre as esquadras holandesa e ibero-portuguesa a oitenta léguas a leste do arquipélago. A luta foi considerada a maior batalha naval do Atlântico, até aquela data, sua conseqüência foi o abandono da idéia dos holandeses de se estabelecerem no Brasil. Mais relatos históricos incluem a visita de Charles Darwin a bordo do BHS Beagle em 1832, fornecendo as primeiras descrições dos recifes. Como o perigo que os Abrolhos constituíam para a navegação D. Pedro II mandou instalar um farol, para orientar a navegação, este foi inaugurado em 1861, e funciona até os dias de hoje. Mais tarde aconteceu a visita da expedição do pesquisador canadense Charles Frederich Hartt, são dele os primeiros estudos a respeito da geologia do arquipélago e de coletas de corais, hidrocorais e gorgônias. Nos séculos XIX e XX o arquipélago foi visitado por caçadores de baleias, que usavam a ponta dos Caldeiros, na ilha de Santa Bárbara para derreter a gordura das baleias em grandes caldeiras alimentadas por fornalhas; quando o clima não permitia o deslocamento para o continente. Durante a segunda Guerra Mundial a Marinha do Brasil deixou lá uma guarnição militar. Em 1961 e 1962 Abrolhos foi visitado pela expedição Calypso, o biólogo francês Jacques Laborel fez várias viagens ao arquipélago e identificou os recifes como os maiores e mais ricos de toda costa brasileira. Em 1969 surge pela primeira vez a idéia de transformar Abrolhos em parque nacional, após várias reuniões e manifestações nas décadas de 70 e 80, o parque foi finalmente criado em 6 de abril de 1983.